1951-1960
Periode Rintisan
Periode ini dimulai dengan Penegerian Fakultas Agama Universitas Islam Indonesia (UII) menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAIN) yang diatur dengan Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950 Tanggal 14 Agustus 1950 dan Peresmian PTAIN pada tanggal 26 September 1951. Pada Periode ini, terjadi pula peleburan PTAIN (didirikan berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950) dan ADIA (didirikan berdasarkan Penetapan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 1957) dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 1960 Tanggal 9 Mei 1960 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dengan nama Al-Jami'ah al-Islamiyah al-Hukumiyah. pada periode ini, PTAIN berada di bawah kepemimpinan KHR Moh Adnan (1951-1959) dan Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya (1959-1960)
1960-1972
Periode Peletakan Landasan
Periode ini ditandai dengan Peresmian IAIN pada tanggal 24 Agustus 1960. Pada periode ini, terjadi pemisahan IAIN. Pertama berpusat di Yogyakarta dan kedua, berpusat di Jakarta berdasarkan Keputusan Agama Nomor 49 Tahun 1963 Tanggal 25 Februari 1963. Pada periode ini, IAIN Yogyakarta diberi nama IAIN Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 1965 Tanggal 1 Juli 1965. Pada periode ini telah dilakukan pembangunan sarana dan prasarana pendidikan, dimulai dengan pemindahan kampus lama (di Jalan Simanjuntak, yang sekarang menjadi gedung MAN 1 Yogyakarta ) ke kampus baru yang jauh lebih luas (di Jalan Marsda Adisucipto Yogyakarta). Sejumlah gedung fakultas dibangun dan di tengah-tengahnya dibangun pula sebuah masjid yang masih berdiri kokoh. Sistem pendidikan yang berlaku pada periode ini masih bersifat 'bebas' karena mahasiswa diberi kesempatan untuk maju ujian setelah mereka benar-benar mempersiapkan diri. Adapun materi kurikulumnya masih mengacu pada kurikulum Timur Tengah (Universitas Al-Azhar, Mesir) yang telah dikembangkan pada masa PTAIN. Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga berada di bawah kepemimpinan Prof. RHA Soenarjo, SH (1960-1972).
1972-1996
Periode Peletakan Landasan Akademik
Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga dipimpin secara berturut-turut oleh Kolonel Drs. H. Bakri Syahid (1972-1976), Prof. H. Zaini Dahlan, MA (selama 2 masa jabatan: 1976-1980 dan 1980-1983), Prof. Dr. HA Mu'in Umar (1983-1992) dan Prof. Dr. Simuh (1992-1996). Pada periodeini, pembangunan sarana prasarana fisik kampus meliputi pembangunan gedung Fakultas Dakwah, Perpustakaan, Program Pascasarjana, dan Rektorat dilanjutkan. Sistem pendidikan yang digunakan pada periode ini mulai bergeser dari 'sistem liberal' ke 'sistem terpimpin' dengan mengintrodusir 'sistem semester semu' dan akhirnya 'sistem kredit semester murni'. Dari segi kurikulum, IAIN Sunan Kalijaga telah mengalami penyesuaian yang radikal dengan kebutuhan nasional bangsa Indonesia. Jumlah fakultas bertambah menjadi 5 (lima); yaitu Fakultas Adab, Dakwah, Syari'ah, Tarbiyah dan Ushuluddin. Program Pascasarjana IAIN Sunan Kalijaga dibuka pada periode ini, tepatnya pada tahun akademik 1983/1984. Program Pascasarjana ini telah diawali dengan kegiatan-kegiatan akademik dalam bentuk short courses on Islamic studies dengan nama Post Graduate Course (PGC) dan Studi Purna Sarjana (PPS) yang diselenggarakan tanpa pemberian gelar setingkat Master. Untuk itu, pembukaan Program pAscasarjana pada dasawarsa delapan puluhan tersebut telah mengukuhkan fungsi IAIN Sunan Kalijaga sebagai lembaga akademik tingkat tinggi setingkat di atas Program Strata Satu.
1996-2001
Periode Pemantapan Akademik dan Manajemen
Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga berada di bawah kepemimpinan Prof. Dr. HM. Atho Mudzhar (1997-2001). Pada periode ini, upaya peningkatan mutu akademik, khususnya mutu dosen (tenaga edukatif) dan mutu alumni, terus dilanjutkan. Para dosen dalam jumlah yang besar didorong dan diberikan kesempatan untuk melanjutkan studi, baik untuk tingkat Magister (S2) maupun Doktor (S3) dalam berbagai disiplin ilmu, baik di dalam maupun di luar negeri. Demikian pula peningkatan sumber daya manusia bagi tenaga administratif dilakukan untuk meningkatkan kualitas manajemen dan pelayanan administrasi akademik. Pada periode ini, IAIN Sunan Kalijaga semakin berkonsentrasi untuk meningkatkan orientasi akademiknya dan mengokohkan eksistensinya sebagai lembaga pendidikan tinggi. Jumlah tenaga dosen yang bergelar Doktor dan Guru Besar meningkat disertai dengan peningkatan dalam jumlah koleksi perpustakaan dan sistem layanannya.
2001-2010
Periode Pengembangan Kelembagaan
Periode ini dapat disebut sebagai 'Periode Trasformasi', karena, pada periode ini telah terjadi peristiwa penting dalam perkembangan kelembagaan pendidikan tinggi Islam tertua di tanah air, yaitu Transformasi Institut Agama ISlam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 50 Tahun 2004 Tanggal 21 Juni 2004. Deklarasi UIN Sunan Kalijaga dilaksanakan pada tanggal 14 Oktober 2004. Periode ini di bawah kepemimpinan Prof. Dr. HM. Amin Abdullah (2001-2005) dengan Pembantu Rektor Bidang Akademik Prof. Drs. H. Akh. Minhaji, MA., Ph.D, Pembantu Rektor Bidang Administrasi Umum Drs. H. Masyhudi, BBA, M.Si. dan Pembantu Rektor Bidang Kemahasiswaan Prof. Dr. H. Ismail Lubis, MA (Almarhum) yang kemudian digantikan oleh Dr. Maragustam Siregar, MA.
Pada periode kedua (2006-2010) dari kepemimpinan Prof. Dr. HM. Amin Abdullah telah dibentuk Pembantu Rektor Bidang Kerja Sama. Dengan ditetapkannya keberadaan Pembantu Rektor Bidang Kerja Sama, maka kepemimpinan UIN Sunan Kalijaga pada periode kedua ini adalah sebagai berikut : PEmbantu Rektor Bidang Akademik, Dr. H. Sukamta, MA, Pembantu Rektor Bidang Administrasi Umum, Dr. H. Tasman Hamami, MA, Pembantu Rektor Bidang Kemahasiswaan, Dr. Maragustam Siregar, MA, dan Pembantu Rektor Bidang Kerja Sama dijabat oleh Prof. Dr. H. Siswanto Masruri, MA.
Perubahan Institut menjadi universitas dilakukan untuk mencanangkan sebuah paradigma baru dalam melihat dan melakukan studi terhadap ilmu-ilmu agama dan ilmu-ilmu umum, yaitu paradigma Integrasi interkoneksi. Paradigma ini mensyaratkan adanya upaya untuk mendialogkan secara terbuka dan intensif antara hadlarah an-nas, hadlarah al-ilm, dan hadlarah al-falsafah. Dengan paradigma ini, UIN Sunan Kalijaga semakin menegaskan kepeduliannya terhadap perkembangan masyarakat muslim khususnya dan masyarakat umum pada umumnya. Pemaduan dan pengaitan kedua bidang studi yang sebelumnya dipandang secara dimatral berbeda memungkinkan lahirnya pemahaman Islam yang ramah, demokratis, dan menjadi rahmatan lil 'alamin.
2010-2014
Periode Kebersamaan dan Kesejahteraan
Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor : B.II/3/16522/2010 Tanggal 6 Desember 2010, Guru Besar Fakultas Ushuluddin, Studi Agama dan Pemikiran Islam diberi tugas tambahan sebagai Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta masa jabatan 2010-2014. Periode di bawah kepemimpinan Prof. Dr. H. Musa Asy’arie dibantu oleh empat Pembantu Rektor yaitu: Pembantu Rektor Bidang Akademik Dr. Sekar Ayu Aryani, M.Ag., Pembantu Rektor Bidang Administrasi Umum Prof. Dr. H. Nizar, M.Ag,. Pembantu Rektor Bidang Kemahasiswaan Dr. H. Ahmad Rifai,. M.Phil., dan Pembantu Rektor Bidang Kerjasama, Prof. Dr. H. Siswanto Masruri, M.A.
Seiring dengan perkembangan jaman dan dalam rangka meningkatkan mutu penyelenggaraan dan pelayanan pendidikan tinggi, dinilai organisasi tata kerja Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta perlu ditata kembali. Oleh karena itu, Organisasi Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga mengalami perubahan berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 2013. Sesuai dengan Organisasi Tata Kerja Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga yang baru, dalam melaksanakan tugasnya, Rektor dibantu oleh tiga Wakil Rektor yaitu: Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan Dr. Sekar Ayu Aryani, M.Ag., Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan, Prof. Dr. H. Nizar, M.Ag.,dan wakil Rektor Bidang Kelembagaan dan Kerja sama Dr. H. Maksudin, MA.
http://uin-suka.ac.id/page/universitas/1-sejarah
